Biskup kujawsko-kaliski Stanisław Zdzitowiecki dekretem z dnia 2 II 1922 r.
erygował nową, drugą chronologicznie, parafię we Włocławku, która została wyłoniona z parafii i św. Jana Chrzciciela. Zamysł jej utworzenia we włocławskiej dzielnicy południowej zwanej „Bularką”, a następnie „Kokoszką” dojrzał już przed I wojną światową. Ale dopiero szybko wzrastająca liczba mieszkańców oraz poważny zapis włocławskiego przemysłowca Leona Bojańczyka na rzecz kościoła – umożliwiły utworzenie nowej parafii.
Erygowana placówka duszpasterska została powierzona Diecezjalnemu Stowarzyszeniu Księży Charystów, a jej pierwszym proboszczem został ks. Józef Straszewski. W dniu 15 III 1922 r. pierwszy proboszcz objął nową parafię. Do czasu wybudowania tymczasowej kaplicy, nabożeństwa parafialne (z wyjątkiem pogrzebów) odprawiano w bazylice katedralnej; pogrzeby zaś w kościele klasztornym reformatów. Dzięki staraniom i pomocy Księży Charystów, proboszcz już w pierwszym roku swego duszpasterzowania przystąpił do budowy tymczasowej kaplicy, zaprojektowanej przez architektów Dąbrowskiego i Narębskiego. Prace budowlane postępowały bardzo szybko, tak że 31 grudnia 1922 r. bp Zdzitowiecki mógł poświęcić ten tymczasowy kościół. W roku następnym rozpoczęto gromadzić materiały budowlane na właściwą świątynię, w stylu neobarokowym, według projektu architekta Buraczewskiego z Warszawy. Prace rozpoczęto w 1925 r., a 19 września następnego roku sufragan bp Wojciech Owczarek (Sługa Boży) dokonał poświęcenia fundamentów i wmurowania aktu erekcyjnego kościoła.
Do 1939 r. wybudowano i oddano do użytku wiernych nawę główną, nawy boczne i dwie zakrystie. Tymczasowa zaś kaplica została przebudowana na plebanię. Niedokończona świątynia, zamieniona przez niemieckiego okupanta na magazyn cykorii, szczęśliwie przetrwała okres wojny, chociaż były plany jej zburzenia.
Kościół św. Stanisława BM – to trzynawowa świątynia, zbudowana na planie krzyża, z kopułą na przecięciu nawy z transeptem. Sklepienia naw, kopuły i prezbiterium wykonane zostały z cegły. Po zakończeniu II wojny światowej zbudowano prezbiterium i kopułę.
W ten sposób przygotowana świątynia została konsekrowana w 1958 r. przez bp. Antoniego Pawłowskiego. W latach późniejszych dokonano dalszych prac, a mianowicie urządzono w kościele sale katechetyczne, sprawiono nowe nastawy stiukowe ołtarza głównego i ołtarzy bocznych według projektu art. Plastyka Antoniego Bisagi z Włocławka oraz pokryto kopułę blachą miedzianą. W 1993 r. pobudowano z cegły nową dzwonnicę według projektu arch. Wojciecha Bromirskiego.
Dla trzech dzwonów zainstalowano napęd elektryczno-komputerowy.
W tym samym roku otynkowano zewnętrzną elewację kościoła. Rok 1995 zapisał się w historii parafii wymalowaniem wnętrza kościoła według projektu art. Plastyka Włodzimierza Kaniewskiego. W roku następnym przywrócono w prezbiterium okno środkowe i wstawiono witraż, przedstawiający patrona kościoła, zaprojektowany i wykonany przez artystów plastyków Elżbietę i Andrzeja Bednarskich z Rypina. 25 maja 1997 r., podczas jubileuszowej uroczystości 75-lecia istnienia parafii, bp ordynariusz Bronisław Dembowski poświęcił dwie pamiątkowe tablice, zaprojektowane przez art. plastyka Stanisława Mystka z Poznania.
W roku 1999, w dniu 13 czerwca w Warszawie Ojciec Święty Jan Paweł II zaliczył pierwszego proboszcza, ks. Józefa Straszewskiego, w poczet 108 błogosławionych męczenników Kościoła w Polsce z okresu II wojny światowej. Dla uczczenia tego historycznego wydarzenia sprawiono w kościele parafialnym tablicę pamiątkową i obraz, pędzla art. malarza Mikołaja Konczalskiego, ukazujący nowego Błogosławionego na tle kościoła św. Stanisława.
Terytorium parafii pomniejszało się na rzecz nowo powstających parafii włocławskich: Wszystkich Świętych – w 1968; św. Józefa – 1977; Najświętszego Zbawiciela – 1981; św. Maksymiliana – 1983; Narodzenia Najśw. Maryi Panny – 1984, powiększoną o część parafii św. Stanisława jeszcze w 1994 r.
W latach 2003–2009 przeprowadzono szereg prac remontowych w kościele i domu parafialnym, mi.in. skompletowane zostały nowe ławki, przeprowadzono gruntowną konserwację blachy i rynien na kościele i plebanii, uporządkowano teren wokół kościoła (kostka brukowa, granitowe schody). Ufundowano dwa witraże w prezbiterium kościoła: św. Piotra i św. Pawła oraz obraz „Jezu ufam Tobie”.
Krzyże: przy głównym wejściu do kościoła, przy domu parafialnym; figura Serca Jezusowego
