Diecezja w kolejnych fazach swojego istnienia dzieliła się na różne, mniejsze okręgi administracyjne, zmieniające się w miarę nowych potrzeb czy zaistniałej sytuacji.
1. Podział diecezji kruszwickiej
Rozciągające się szerokim pasem terytorium diecezji, od południowych Kujaw, których granice wyznaczały początki Noteci, aż po Gdańsk, wymagało odpowiedniego podziału administracyjnego. W fazie diecezji kruszwickiej nie ma śladów takiego podziału. Zresztą był to okres formowania się nowych ośrodków parafialnych i chrystianizacji, zwłaszcza w pomorskiej części diecezji. Stąd wiadomo tylko o jednym archidiakonie, będącym urzędnikiem biskupim, obejmującym obszar całej diecezji.
Archidiakon ten był zapewne prałatem w tamtejszej kapitule, chociaż trudno powiedzieć, czy już w pierwszej kapitule katedralnej św. Wita. Z pewnością natomiast istniał przy kapitule św. Piotra i Pawła. Można więc powiedzieć, że diecezja składała się z jednego archidiakonatu, który w historiografii nazywany był archidiakonatem starego typu. Nie było wówczas jeszcze podziału na archidiakonaty okręgowe, obejmujące poszczególne części diecezji, chociaż w tej fazie diecezji można było wyróżnić dwie części składowe, a więc Kujawy i Pomorze.
Nie ma też wiadomości o podziale diecezji na dekanaty i z całą pewnością takowego jeszcze nie było.
Na pewno istniały już parafie, naturalnie w takim pojęciu, jakim w tamtych czasach można o nich mówić. Nie były to jeszcze okręgi o określonych ściśle granicach, a raczej ośrodki duszpasterskie, gromadzące wokół siebie wiernych bliższej czy dalszej okolicy. Istotne jest stwierdzenie istnienia w danej miejscowości świątyni w czasach kruszwickich.
Szczegółowe badania pozwalają przyjąć, że w samej Kruszwicy istniał kościół Św. Wita. Niebawem, w XI w., powstała druga świątynia, najpierw przeznaczona dla benedyktynów, a później oddana diecezji jako katedra, a wreszcie kolejny, już jako parafialny, kościół Najświętszej Maryi Panny. Podobnie we Włocławku, drugim ośrodku na Kujawach bardziej się wybijającym, da się zauważyć dwie świątynie, a mianowicie grodową Św. Jerzego i benedyktyński kościół Św. Jana Chrzciciela. W kujawskiej części diecezji można jeszcze doliczyć się około 20 świątyń. Zbliżona liczbę świątyń da się ustalić dla pomorskiej części diecezji.
2. Podział diecezji kujawsko-pomorskiej
W tej fazie diecezji można już stwierdzić istnienie różnych podziałów diecezji, które zmieniały się wraz z upływem czasu. Najstarszym był podział na archidiakonaty, później na oficjałaty i dekanaty.
a. Archidiakonaty
Po zmianach z 1123 r. diecezja została podzielona na trzy archidiakonaty. Wprawdzie nie stało się to od samego początku, bo o nich, a mianowicie włocławskim i pomorskim, dowiadujemy się dopiero pod koniec XII w., ale były to już archidiakonaty okręgowe, a więc nowego typu, gdzie archidiakoni mieli na swoim terenie władzę własną. Archidiakoni ci mieli także swoje miejsca w kapitule: włocławski w kapitule katedralnej włocławskiej, pomorski - z uwagi, że na Pomorzu kapituły nie było - także w kapitule włocławskiej, na ostatnim miejscu prałackim Do tego dodać należy archidiakonat kruszwicki, wprawdzie zniesiony przez biskupa Ogierza około 1198-1200 r., ale przywrócony w 1233 r. przez biskupa Michała na synodzie w Inowrocławiu. Archidiakon kruszwicki miał swoją stallę prałacką w kapitule kolegiackiej kruszwickiej.
Archidiakonaty, po utworzeniu niżej opisanych oficjałatów, służyły już tylko jako okręgi wizytacyjne.
b. Oficjałaty
Podział na archidiakonaty przetrwał wprawdzie aż do końca diecezji kujawsko-pomorskiej, ale stosunkowo szybko dosyć duża władza archidiakonów została im ograniczona na korzyść nowego urzędu, wprowadzonego na wzór diecezji europejskich. Zastępca biskupa, tak w sprawach sądowych, jak i administracyjnych, znany był w Europie zachodniej już wcześniej. Potrzeba jego wprowadzenia zrodziła się także i w Polsce. Otóż w drugiej połowie XIII wieku, na polecenia synodów legackich metropolii gnieźnieńskiej z lat 1248 i 1267, powstał nowy podział diecezji kujawskiej i pomorskiej pod względem administracyjno-sadowniczym. Łączyło się to z coraz większym zaangażowaniem biskupów w sprawy kraju, co powodowało, że mieli coraz mniej czasu na załatwianie spraw diecezjalnych, zwłaszcza sądowniczych. W przypadku diecezji włocławskiej potrzeba taka była spowodowana także wielką rozległością diecezji.
Stąd powstał urząd wikariusza in spiritualibus, posiadającego władzę administracyjną, i oficjała, zastępującego biskupa w wykonywaniu władzy sądowniczej. Ponieważ regułą było łączenie tych dwóch urzędów w jednej osobie, urzędników tych nazywano zwyczajnie oficjałami, a okręgi władzy im poddane oficjałatami. Urzędnik taki miał władzę delegowaną od biskupa, ale od jego wyroków nie było odwołania, chyba że biskup pewne sprawy sobie rezerwował. Oficjał był prawnym zastępcą biskupa.
Dla obydwóch archidiakonatów kujawskich powstał oficjałat generalny włocławski, urzędujący w tym mieście, za zamku lub w jednej z kurii kanonickich, tam gdzie mieszkał oficjał. Pierwszy, znany z imienia oficjał włocławski, to dominikanin Stefan, biskup chełmski i sufragan włocławski, występujący w 1389 r., chociaż jest pewna wątpliwość co do prawdziwości tej informacji. Oficjałowie co najmniej od 1401 r. prowadzili swoje księgi, chociaż zachowały się one dopiero od 1422 r. Dla części zaś pomorskiej diecezji utworzono oficjałat w Gdańsku, który niebawem, z uwagi na rozległość tej części diecezji i jej odległość od stolicy diecezji, otrzymał także uprawnienia generalnego.
W połowie XVI w. powołano jeszcze oficjałat okręgowy, czyli foralny, w Bydgoszczy, dla północnych Kujaw i południowej części archidiakonatu pomorskiego. Kiedy zaś w 1764 r. Bydgoszcz przeszła do archidiecezji gnieźnieńskiej, siedzibę tego oficjałatu przeniesiono do Świecia.
Ponieważ w następstwie pierwszego rozbioru Polski w 1772 r. pomorska część diecezji, z wyjątkiem Gdańska, znalazła się w Prusach, władze zaborcze pruskie czyniły starania, aby utworzyć dla tych terenów wikariat apostolski, a nawet wróciły do dawnej, jeszcze krzyżackiej koncepcji, utworzenia tam osobnej diecezji. Ostatecznie, na żądanie tego państwa, dla terenów zabranych utworzono jedynie podległy biskupowi włocławskiemu oficjałat generalny w Tczewie, który istniał do 1793 r., to jest do czasu, kiedy w następstwie drugiego rozbioru Polski także Gdańsk znalazł się w Prusach. Wówczas przywrócono oficjałat generalny w Gdańsku dla całej pomorskiej części diecezji. Jednakże nad archidiakonatem kruszwickim, który po 1772 r. także znalazł się w Prusach, władzę sprawował cały czas oficjał włocławski.
Kiedy w następstwie Kongresu Wiedeńskiego ustalono ostatecznie granice diecezji, biskup włocławski Franciszek Malczewski, wznowił oficjałat dla Gdańska i Pomorza i powierzył go ks. Stanisławowi Rosołkiewiczowi, kapelanowi kaplicy królewskiej w Gdańsku, który wkrótce został przez papieża Piusa V przemianowany na wikariat apostolski. Natomiast w odniesieniu do archidiakonatu kruszwickiego, na wyraźne żądanie króla pruskiego, tenże biskup dnia 18 VII 1817 r. ustanowił administratorem i oficjałem generalnym delegowanym dla tej części diecezji biskupa poznańskiego Tymoteusza Gorzeńskiego. Ostateczne odłączenie tych archidiakonatów od diecezji włocławskiej nastąpiło w 1821 r., gdy uregulowano stosunki kościelne w Prusach.
Następne zmiany nastąpiły z chwilą ostatecznego ustalenia nowych rozgraniczeń diecezji w ramach zaboru rosyjskiego, co nastąpiło mocą bulli Ex imposita Nobis, ale o tym będzie mowa przy diecezji kujawsko-kaliskiej.
c. Dekanaty i sieć parafialna
Stosunkowo dawny jest podział diecezji na mniejsze okręgi zwane dekanatami wiejskimi, dla odróżnienia od prałatur dziekańskich w kapitułach. Możliwe, iż w diecezji kujawskiej i pomorskiej podział ten nastąpił równocześnie z wprowadzeniem urzędu oficjałów. Najstarszy ich wykaz posiadamy z 1325 r., ale nie jest on kompletny. W archidiakonacie kruszwickim wyliczono tylko dwa dekanaty, a mianowicie inowrocławski i radziejowski, zaś w archidiakonacie włocławskim nie wspomniano zupełnie o dekanatach, natomiast w archidiakonacie pomorskim wspomniano tylko o dziekanach z Gdańska i Świecia. Około 1420 r. część kujawska diecezji dzieliła się na dekanaty we Włocławku, Brześciu Kujawskim, Inowrocławiu, Radziejowie, Raciążku, Bydgoszczy i Kruszwicy, zaś w części pomorskiej wymieniono dekanaty w Świeciu, Nowem, Lęborku, Gdańsku, Tczewie, Pucku i jeden dekanat nie zidentyfikowany.
Liczba dekanatów zmieniała się dosyć często. Rola dziekanów, którzy powinni być okiem i uchem biskupa, wzrosła od czasów rozwoju nowinek religijnych, zwłaszcza zaś protestantyzmu.
Kiedy organizowała się diecezja z siedzibą we Włocławku, parafie wchodziły, jak to określają niektórzy historycy, w swój drugi okres rozwoju. Oznacza to, że powstawały już w ośrodkach oddalonych od grodów czy większych skupisk, będących zalążkami przyszłych miast. Może nie zawsze posiadały jeszcze dokładnie oznaczone granice. Ponieważ fundatorami nowych świątyń byli przeważnie właściciele danych terenów, stąd terytoria powstających wówczas parafii pokrywały się najczęściej z posiadłością fundatora. Bez wątpienia zorganizowane parafie istniały już na przełomie XII i XIII w., co widać z imion proboszczów występujących jako świadkowie w licznych dokumentach tego czasu. Nie zawsze używano jeszcze określenia "parafia". Można zaryzykować twierdzenie, że do XIII-XIV w. została zakończona organizacja parafialna tak na Kujawach, jak i w części pomorskiej diecezji. Później nowych parafii powstało stosunkowo niewiele.
Najstarszy wykaz parafii możemy poznać dzięki wykazom świętopietrza zbieranego na terenie diecezji kujawsko-pomorskiej w latach 1325-1327. Dla czasów nieco późniejszych można poznać sieć parafii dzięki źródłom historycznym, zwłaszcza wizytacjom diecezji kujawsko-pomorskiej. Dokładne badania dla kujawskiej części diecezji końca XV w. pozwoliły ustalić, że w okresie kruszwickim powstały tu 23 ośrodki kościelne, od 1123 do 1325 r. - 67 parafii, wreszcie od 1325 do 1494 r. - 33 parafie, czyli razem 123 parafie. Z tego na czas do 1325 r. przypada około 75% parafii. Wyniki tych badań potwierdzają tezę, że zasadniczo budowa sieci parafialnej, przynajmniej w tej części diecezji, została praktycznie zakończona w średniowieczu. Z dokładnymi wykazami parafii tworzących diecezję kujawsko-pomorską możemy zapoznać się dzięki opublikowanym w pierwszym tomie Monumenta historica dioeceseos Wladislaviensisís (wydawanych przez księży Chodyńskich) spisom z około 1420, 1570 , 1583 i 1753 roku.
Do końca istnienia diecezji kujawsko-pomorskiej, jak to widać ze schematyzmu z 1818 r., istniał formalny podział diecezji na archidiakonat kujawski, czyli włocławski, obejmujący dekanaty: brzeski, bobrownicki, izbicki, kowalski, nieszawski, radziejowski, służewski oraz wolborski, który leżąc w oddaleniu od reszty diecezji, do tego archidiakonatu został przyłączony; archidiakonat kruszwicki, z dekanatami: kruszwickim, inowrocławskim, gniewkowskim. Pewnie przez pomyłkę nie podano tu wiadomości o dekanacie fordońskim, który też do tego archidiakonatu należał. Ten, ostatni z czasów tej fazy diecezji, schematyzm nie zamieścił już dekanatów pomorskich. Znamy je jednak ze schematyzmu z 1816 r. Archidiakonat pomorski tworzyły wówczas dekanaty: gdański, tczewski, gniewski, nowski, starogardzki, pucki, mirachowski, lęborsko-bytowski i świecki.
3. Podział diecezji kujawsko-kaliskiej
Bulla Ex imposita Nobis włączyła mocno zmienioną diecezję włocławską do metropolii warszawskiej, ponieważ macierzysta metropolia gnieźnieńska pozostała poza granicami Królestwa Polskiego. Określała ona imiennie, w liczbie 344, jakie parafie mają znaleźć się w jej granicach.
Diecezja kujawsko-kaliska odziedziczyła po archidiecezji gnieźnieńskiej kilka oficjałatów, a mianowicie urzędy konsystorskie w Kaliszu, Uniejowie i Wieluniu. Z nich ten w Uniejowie nie urzędował już w 1819 r., skoro nie wymieniono go w schematyzmie z tego roku. Konsystorz wieluński zniesiono w 1823 r. Biskup Andrzej Wołłowicz dnia 31 XII 1818 r. ustanowił dwa konsystorze w Kaliszu i Włocławku, obydwa jako generalne.
Ponownej reorganizacji dokonał w 1823 r. biskup Józef Koźmian, który obok dwóch dotychczasowych konsystorzy generalnych utworzył okręgowy oficjałat w Piotrkowie Trybunalskim, podporządkowując mu dekanaty w Brzeźnicy, Częstochowie, Krzepicach, Piotrkowie Trybunalskim, Radomsku, Tuszynie i Wieluniu. Stan taki trwał do 1885 r., kiedy to bp Aleksander Bereśniewicz cofnął oficjałowi kaliskiemu uprawnienie oficjała generalnego.
W diecezji kujawsko-kaliskiej, pewnie bardziej z przyzwyczajenia, niż ze stanu faktycznego, w 1821 r. nazwano jeszcze część kujawską diecezji archidiakonatem kujawskim, zaliczając zapewne do niego dekanaty nieszawski, izbicki, brzeski i kowalski. Nowy podział na okręgi administracyjne podległe poszczególnym oficjałom został zamieszczony pierwszy raz w schematyzmie z 1825 r. Znajdujemy tam oficjałat generalny włocławski, do którego należały dekanaty: brzeski, kowalski, nieszawski i radziejowski. Widać z powyższego, że zasięg tego oficjałatu ograniczył się do parafii kujawskich, które pozostały z dawnej diecezji. Następnym był oficjałat generalny kaliski z dekanatami: kaliski, stawski, stawiszyński, uniwejowski, koniński, kolski, słupecki, sompoleński, sieradzki, lutomierski, szadkowski i wieruszowski. Był on nieporównywalnie większy od oficjałatu włocławskiego i miał uprawnienia na całą diecezję, podczas gdy włocławski tylko na część kujawską diecezji. Ponadto istniał jeszcze oficjałat foralny piotrkowski, do którego należały dekanaty w Piotrkowie Trybunalskim, Tuszynie, Radomsku, Brzeźnicy, Częstochowie, Krzepicach i Wieluniu.
Zmniejszenie liczby dekanatów nastąpiło po powstaniu styczniowym. Władze postanowiły, dla łatwiejszej kontroli Kościoła, aby dekanaty pokrywały się z powiatami. Po tych zmianach, w oficjałacie generalnym włocławskim był dekanat włocławski liczący 22 parafie i dekanat radziejowski składający się z 28 parafii. Okręg podległy oficjałatowi kaliskiemu obejmował dekanat kaliski (34 parafie), kolski (19 parafii), koniński (23 parafie), sieradzki (26 parafii), słupecki (22 parafie), turkowski (28 parafii), wieluński (36 parafii). Wreszcie oficjałowi foralnemu piotrkowskiemu podlegały dekanat: piotrkowski (29 parafii), częstochowski (19 parafii), łaski (21 parafii), nowo-radomszczański w Radomsku (30 parafii).
Taki podział stanowił znaczne utrudnienie w administrowaniu diecezją, ale o zmianach można było pomyśleć dopiero wówczas, kiedy carskie władze, pod naciskiem zmieniających się okoliczności politycznych, złagodziły nieco swój represyjny stosunek do Kościoła. W diecezji kujawsko-kaliskiej bp Stanisław Zdzitowiecki zdecydował się na reformę sieci dekanalnej dopiero w 1916 r. W 1917 r. układ dekanatów przedstawiał się następująco. W guberni warszawskiej w powiecie włocławskim były dekanaty: brzeski (10 parafii), chodecki (9), włocławski (3, ale przez pomyłkę zapewne nie wliczono parafii Duninów, która była w powiecie płockim, czyli razem 4 parafie), w powiecie nieszawskim dekanat nieszawski (10), piotrkowski (8), radziejowski (11). W guberni kaliskiej w powiecie kaliskim dekanaty: (7), koźminkowski (8), stawiszyński (11), stawski (8); w powiecie kolskim dekanaty: izbicki (10), kolski (9); w powiecie konińskim: koniński (12), tuliszkowski (11); w powiecie sieradzkim dekanaty: sieradzki (6), szadkowski (8), wartski (7), złoczewski (8); w powiecie slupeckim dekanaty: słupecki (12), zagórowski (11); w powiecie turkowskim dekanaty: turkowski (12), uniejowski (liczący 11 parafii oraz dwie z powiatu łęczyckiego, czyli razem 13); w powiecie wieluńskin dekanaty: bolesławiecki (11), praszkowski (9), wieluński (11), wieruszowski (8). Natomiast w guberni piotrkowskiej w powiecie piotrkowskim były dekanaty: bełchatowski (10), gorzkowicki (8), piotrkowski (7), tuszyński (obejmujący 2 parafie oraz 4 z powiatu łódzkiego, czyli razem 6); w powiecie częstochowskim dekanaty: częstochowski (7), kłobucki (11), mstowski (7); w powiecie łaskim dekanaty: łaski (8), pabianicki (4), widawski (10); w powiecie noworadomskim dekanaty: brzeźnicki (11), gidelski (11), noworadomski (10). Widzimy zatem znacznie zwiększoną liczbę stosunkowo niewielkich dekanatów.
Pewne zmiany przyniósł rok 1918. Było to w następstwie wprowadzenia w Kościele nowego Kodeksu prawa kanonicznego, który uchwalony w 1917 r., wszedł w życie w dniu Zielonych Świąt 1818 r.
Stosownie do przepisów nowego Kodeksu prawa kanonicznego, w diecezji kujawsko- kaliskiej w dniach 20 i 21 listopada 1918 r. ordynariusz diecezji dokonał nowych nominacji, za którymi szedł podział na okręgi, które nazywane były wikariatami generalnymi. I tak sufragan włocławski biskup Wojciech Owczarek został wikariuszem generalnym na całą diecezje włocławską. Drugi zaś z biskupów sufraganów, Władysław Krynicki, został wikariuszem generalnym dla części południowej diecezji (wikariat w Częstochowie), obejmującej powiaty piotrkowski, częstochowski, łaski, radomskowski oraz wieluński. Oprócz uprawnień administracyjnych wikariusze ci otrzymali także nominacje na wiceoficjałów. Sądem Biskupim we Włocławku kierował oficjał ks. Stanisław Chodyński, Jednakże trybunały sądowe powstały także w Częstochowie, gdzie wiceoficjałem został biskup Władysław Krynicki, oraz w Kaliszu, gdzie utworzono trybunał pomocniczy, z ks. Janem Sobczyńskim, proboszczem parafii św. Mikołaja w Kaliszu. Zatem po wprowadzeniu nowego Kodeksu prawa kanonicznego diecezja dzieliła się na trzy wikariaty: włocławski, częstochowski i kaliski. W takim też stanie doczekała następnych zmian w 1925 r.
4. Podziały administracyjne diecezji włocławskiej
Jedynie w początkach tej fazy diecezji można mówić o większym okręgu, a mianowicie podległym sądowi pomocniczemu w Kaliszu. Ze zmianą bowiem granic diecezji i odpadnięciu okręgu częstochowsko-piotrkowskiego do nowych diecezji, tamtejszy wikariat umarł śmiercią naturalną. Jednakże i czas istnienia pomocniczego wikariatu i okręgu sądowego w Kaliszu był policzony, ponieważ zniósł go bp Karol Radoński.
Diecezja dzieliła się na dekanaty. W okresie przedwojennym dekretem z dnia 15 VI 1929 r. ordynariusz włocławski utworzył nowy dekanat kleczewski obejmujący parafie: Kleczew, Kazimierz Biskupi, Ostrowite, Ostrowąż, Ślesin, Wilczyn, Budzisław, Skulsk i Złotków.
Niebawem okazało się, że dotychczasowy podział na dekanaty zawierał jakieś niedogodności, dlatego bp Karol Radoński 1 stycznia 1931 r. wprowadził nowy podział diecezji na dekanaty, tak aby każdy dekanat obejmował parafie znajdujące się w tym samym powiecie. Teraz liczna dekanatów nieco się zmniejszyła i było ich 19. Ta nowa sytuacja spowodowała, że niekiedy organizowano kongregacje powiatowe dla kapłanów, obejmując nieraz kilka dekanatów.
W tym okresie w diecezji erygowano stosunkowo niewiele parafii. W kilku przypadkach duszpasterstwo w nowych ośrodkach rozwijało się już dawniej, a tylko sytuacja, w jakiej znajdował się Kościół na ziemiach polskich, uniemożliwiał powołanie nowych placówek parafialnych.
Idąc chronologicznie, już w 1918 r. powstały parafie w Aleksandrowie Kujawskim, Babiaku i Ciechocinku. W roku następnym utworzono parafię w Brąszewicach. Rok 1920 przyniósł nową parafię w Brzezinach, a w 1921 r. powstała parafia w Zygrach. We Włocławku w 1922 r. utworzono drugą parafię - św. Stanisława, w 1933 r. zaś trzecią - Najświętszego Serca Pana Jezusa, oddaną pod opiekę orionistów. W 1930 r. dokonano ponownych erekcji parafii w Dębnie Królewskim i w Woli Pierowej. Ponadto, prawie na przedmieściach Włocławka, w 1933 r. utworzono nową parafię w Rózinowie, a w 1939 r. w Michelinie. Okres powojenny, chociaż dla Kościoła w Polsce trudny, jednak, zwłaszcza i okresie ostatniego trzydziestolecia, przyniósł znaczny rozwój sieci parafialnej, spowodowany głównie znacznym wzrostem ludności w większych miastach diecezji, ale nie tylko. Brano pod uwagę znaczną nieraz odległość poszczególnych miejscowości od świątyni parafialnej, często przekraczającej nawet 10 kilometrów. Mając na uwadze te potrzeby, pokonując często wiele utrudnień stawianych przez ówczesne władze państwowe, utworzono kilkadziesiąt nowych placówek, najpierw duszpasterskich, które przekształcały się w parafie. Trzeba tu przypomnieć zaangażowanie w tę sprawę wiernych, duszpasterzy, a także biskupów diecezji, spośród których bezsprzecznie największe zasługi posiada bp Jan Zaręba.
Kilkakrotnie też w okresie powojennym były przeprowadzane korekty sieci dekanatów, dostosowując ich liczbę i rozmieszczenie do konkretnych potrzeb duszpasterskich. W ostatnim czasie diecezja liczy 256 parafii zorganizowanych w 36 dekanatów.
