Szybki rozwój dzielnicy Włocławka zwanej „Zazamczem” zrodził potrzebę starania się o nowy kościół i parafię. Pragnienie to, od wielu lat ujawniane prośbą o odpowiednie zezwolenie władz cywilnych, zyskało szansę realizacji w 1974 r., kiedy to zezwolenie nadeszło. Wykonanie planów świątyni powierzono architektowi W. Pieńkowskiemu z Warszawy. Wszystkie prace przygotowawcze prowadziła parafi a katedralna, do której Zazamcze należało. W dniu 6 VI 1976 r. został poświęcony plac pod przyszły kościół, a 11 IX 1977 r. biskup włocławski Jan Zaręba dokonał wmurowania kamienia węgielnego, wyjętego z fundamentów Bazyliki św. Piotra.
Na szybki postęp prac budowlanych wskazuje fakt, że już 11 VI 1978 r. poświęcono kaplicę, czyli dolny kościół z salami katechetycznymi, co umożliwiło prowadzenie regularnego duszpasterstwa. Dekretem z dnia 8 IX 1978 r. biskup Zaręba erygował nową parafi ę św. Józefa, wydzielając jej terytorium z parafi i katedralnej i parafi i św. Stanisława, a 5 X 1986 r. dokonał uroczystej konsekracji kościoła.
Kościół zbudowany na rzucie prostokątnym, murowany z cegły ceramicznej, dwunawowy. Granicę nawy stanowią słupy żelbetowe, które wpierają strop. Wzdłuż nawy bocznej zakrystia, kancelaria, sale katechetyczne. Pod nawą boczną dolna kaplica i kaplica przedpogrzebowa. Okna prefabrykowane cementowe. W jednym z okien witraż autorstwa Hanny Szczypińskiej, z wizerunkiem św. Józefa. Posadzka i ołtarz marmurowe. Tabernakulum mosiężne. Na ścianie prezbiterium krucyfi ks z I poł. XV w., otrzymany od parafi i Iwanowice w stanie wymagającym gruntownej rekonstrukcji, odnowiony w pracowni Anny Torwirt w Toruniu. Figura św. Józefa z drewna lipowego projektu Jerzego Machaja, wykonana przez Marka Sitarskiego z Warszawy. Płaskorzeźba św. Józefa na zewnętrznej ścianie kościoła projektu J. Machaja, wykonana przez Andrzeja Bernera i Tomasza Sękowskiego z Warszawy.
W kaplicy dolnej posadzka z płyt marmurowych, ołtarz granitowy. Kopia Obrazu Jasnogórskiego autorstwa M. Torwirt.
W latach 2003–2009 wnętrze kościoła wzbogaciło się o ołtarz Miłosierdzia Bożego w nawie bocznej, stacje drogi krzyżowej, 40 nowych ławek. Zamontowano nowe drzwi wejściowe do kościoła, drzwi boczne, drzwi przy wejściu ewakuacyjnym, granitowe schody wejściowe, schody przy wyjściu ewakuacyjnym. Odrestaurowane zostały figury aniołów, odnowiono też balkony we wnętrzu kościoła. Wykonano remont dachu w części dolnej kościoła.
Kościół rektoralny pw. Miłosierdzia Bożego w Wieńcu-Zdroju. Ufundowany przez ks. prał. Bogumiła Lewandowskiego i diecezję włocławską. Świątynię wzniesiono według projektu Dariusza Witasiaka, Pawła Marciniaka i Zbigniewa Wilińskiego z Łodzi. Nad budową trwającą w latach 2006–2009 czuwał ks. prałat Lesław Witczak. Poświęcony 19 kwietnia 2009 r. w Niedzielę Miłosierdzia Bożego przez bp. Wiesława Alojzego Meringa.
Rektor: ks. prał. mgr Lesław Witczak
Kapelan Sióstr Szarytek: ks. Paweł Pokora
