Zdaniem wielu historyków, początków kościoła św. Jana położonego nad Wisłą szukać należy nawet w X w. Został on wzniesiony zapewne staraniem monarchów, skoro ci mianowali tu proboszcza. W 1065 r., czy też jak niektórzy przyjmują w 1165 r., prawo patronatu książę scedował na benedyktyński klasztor w Mogilnie. Odtąd opat tego klasztoru przedstawiał kandydatów na proboszcza parafii. Najpierw byli nimi sami benedyktyni. Z prawem tym związany był ponadto przywilej pobierania cła na Wiśle.
Biskupi włocławscy niechętnie patrzyli na taki stan, chcąc dla siebie pełnej władzy nad tym parafi alnym kościołem włocławskim. Ostatecznie, na mocy umowy z dnia 26 V 1315 r. pomiędzy biskupem włocławskim Gerwardem a klasztorem w Mogilnie, patronat nad tym kościołem, prawo żeglugi, cło oraz wszelkie inne dochody tegoż przeszły w ręce biskupów włocławskich. Ci w XV w. złączyli tę parafię z kolegium wikariuszy katedralnych, co zostało w 1490 r. zatwierdzone przez papieża Innocentego VIII. Odtąd wikariusze kolegialni spełniali urząd proboszcza parafii, co jednak nie sprzyjało należytemu duszpasterstwu w parafi i i co powodowało częste upomnienia ze strony biskupów. Ostatecznie bp Hieronim Rozrażewski w 1593 r. mianował stałego proboszcza z grona i za zgodą wikariuszy, wyznaczając też na jego utrzymanie część dochodów wikariuszowskich.
To zarządzenie bp. Rozrażewskiego uważają niektórzy za ponowną urzędową erekcję parafi i św. Jana Chrzciciela we Włocławku, przyznającą dalej prawo patronatu wikariuszom katedralnym, ale parafi i zapewniającą stałego proboszcza. Prawo to zachowali oni do 1818 r. Do tego też roku parafi a należała do dekanatu brzeskiego i aż do 1922 r. obejmowała cały Włocławek oraz okoliczne miejscowości.
Wyglądu pierwszego kościoła św. Jana nie znamy. Obecna świątynia, na miejscu dawnej, została wybudowana w 1538 r., zapewne staraniem wikariuszy włocławskich, i niebawem konsekrowana. Murowana z cegły w stylu gotyckim, początkowo bez wieży i głównego wejścia, które dobudowano dopiero w 1580 r.; powiększona w 1622 r. o półkoliste prezbiterium. W 1780 r. wystawiono na środku kościoła niewielką wieżyczkę, a wieży nad wejściem głównym nadano dzisiejszy wygląd.
Świątynia była ciągle zagrożona wylewami Wisły, czemu zaradzono w 1846 r., urządzając dzisiejszy bulwar, ale za cenę znacznego podniesienia terenu wokół niej.
Z kościołem złączone są dwie kaplice. Jedna fundowana przez Wojciecha Kaltenberga Kokoszkę, mieszczanina włocławskiego, ok. 1565 r. pw. Pięciu Ran Pana Jezusa i druga z 1635 r., która powstała na koszt archidiakona włocławskiego Sebastiana Grotkowskiego, poświęcona Aniołom Stróżom.
Wyposażenie wnętrza pozostawało w zasadzie barokowe. Polichromię nawy głównej i przedsionka w 1951 r. wykonali artyści Helena i Lech Grześkiewiczowie. Gdy w latach 1976–1978 przebudowano prezbiterium, artyści ci uzupełnili malaturę. Ołtarz wielki zawiera kopię obrazu Matki Bożej Częstochowskiej, pędzla Rutkowskiego, sprowadzoną tu po zwycięstwie w 1920 r. Kościół iluminowany na zewnątrz.
W ostatnim czasie dokonano rekonstrukcji dachu na kościele i na kaplicy oraz przeprowadzono kapitalny remont kaplicy św. Zyty (zabezpieczenie odkrytych fragmentów polichromii).
